我国古代就有对南瓜食疗保健作用的记载，在《本草纲目》中，李时珍将南瓜与灵芝放在一起，说它有补中、补肝气、益心气、益肺气、益精气的作用，凡久病气虚、脾胃虚弱、气短倦怠、食少腹胀、水肿尿少者宜用。近年来的研究亦表明，南瓜具有多种食疗保健作用，尤其作为一种防治糖尿病的特效营养保健食品倍受人们的青睐。
1 降血糖功能
南瓜是我国传统的降血糖食物之一，20世纪70年代日本对应用南瓜粉治疗糖尿病进行了报道。多年来，许多研究人员一直致力于南瓜防治糖尿病的研究工作，提出南瓜中的果胶、环丙基氨基酸以及微量元素锌、铬（Cr）可能对南瓜防治糖尿病起主要作用。南瓜的铬含量居各类蔬菜之首。Cr是人体必需的微量元素之一，三价铬是葡萄糖耐量因子（GrP）的活性中心，可刺激葡萄糖的摄取，协助维持糖耐量。人体缺铬是导致高血压糖尿病、冠心病的原因之一，铬不仅可抑制肌体内恶性肿瘤的产生，还可以促进体内胰岛素的释放，使糖尿病人胰岛素分泌正常，这对降血糖十分有效。环丙基氨基酸可促进胰岛素的分泌，增强胰岛素受体的敏感性，同时可激活葡萄糖酶，加快葡萄糖的转化，降低血糖浓度。另外，南瓜中富含果胶，能使餐后血糖及血液胰岛素水平下降；同时果胶有饱腹效果，能改善病人的饥饿感，从而可以控制和辅助治疗糖尿病及其并发症，是糖尿病人的食疗佳品。此外，张拥军等人从南瓜分离出南瓜多糖，并通过小鼠的动物实验初步确定南瓜多糖的降血糖机理。临床试验证明，糖尿病患者每日进食南瓜粉100g，经10d后检查，患者均有不同程度的好转，有的甚至痊愈，目前南瓜粉已被行家视为糖尿病的"克星"。
2 降血脂功能
从南瓜中分离提取出南瓜多糖，并通过动物实验证明南瓜多糖对糖尿病小鼠，可明显降低其血清中的TG、Tch和LDL。血清中TG、Tch和LDL是动脉粥样硬化的促进因子，特别是LDL升高是心肌梗塞的危险因子。南瓜多糖化学组成中含有大量糖醛酸，有较多的带负电荷的酸性基因，故推测南瓜多糖可能具有类似磷脂的作用，能清除胆固醇，防止动脉硬化。此外，在生理pH下带负电荷的南瓜多糖，可与LPL结合，并将其从动脉壁上释放到血液，促进对乳糜粒、VLDL的降解，防治高血压等心血管疾病。
3 防治癌症功效
南瓜含有一些生物碱、葫芦巴碱、南瓜籽碱等生理活性物质，能消除和催化分解致癌物质亚硝胺而有效地防治癌症。
4 解毒、保肝肾功能
南瓜中含有丰富的果胶，果胶有极好的吸附性能，能粘结并有效地消除体内的细菌毒性和重金属及放射性元素的影响，有抗环境毒物之功效，对消化道溃疡病患者有显著疗效。南瓜中含有钾盐、水和少量钠盐，能加强分泌能力，在前列腺和肝发炎时，对加速溶解肾石和膀胱结石有良好作用。此外南瓜粉对治疗肝炎、肝硬化、肾脏病变等疾病也有一定效果，因为南瓜这类黄绿色蔬菜，含有能破坏食物中农药及亚硝酸盐等有害物质的成分，可以帮助肝、肾功能减弱的患者，增强其肝肾细胞的再生能力。另据近年日本国内防癌中心的研究表明，每天食用南瓜、花菜等黄绿色蔬菜，可以减少肺癌的发病率，降低肺癌的死亡率。
5 抗氧化、护视力功能
南瓜中含有丰富的维生素E和β-胡萝卜素。维生素E具有很强的抗氧化作用，能有效地保护肌体免受一些氧自由基和过氧化物的损害，并可能具有一定的抗衰老作用。β-胡萝卜素在肌体内能转变为对人体具有重要生理作用的维生素A（VA），VA对保护视力、预防眼疾、维持人体上皮组织的健康、促进儿童的生长发育等均有重要作用，同时VA对维持正常视觉和明目、促进骨骼发育及肌体抗癌防癌方面具有重要生理作用。作为食物中VA的来源，南瓜食品与动物性食品（如肝脏、蛋黄等）相比，经济实惠。据报道，常吃南瓜人群中，80岁以上的高龄者，仍能保持良好视力，不戴眼镜也可看报纸。